Nature：黄三文团队两项研究探索泛基因组赋能育种

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　　泛基因组(Pan-genome)是一个物种内所有基因组信息的总和。相比传统的单一参考基因组，基因组包括了更多的遗传多样性，可以有效降低参考基因组偏差对遗传变异检测的影响。目前水稻、玉米、小麦、大麦、大豆和番茄等作物均构建了泛基因组，并在功能基因研究、育种改良等领域都体现出重要价值。

　　但是，目前对泛基因组的遗传学分析，大多停留在单个参考基因组的分析框架内，因此，如何充分利用泛基因组的优势解决重要的生物学问题，促进植物遗传育种研究，仍然需要更多的创新探索。

　　2022年6月8日，Nature 杂志同时在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所(以下称“基因组所”)黄三文团队在植物基因组学领域的两项重要研究成果，为实现泛基因组在作物育种的应用，提供了新的解决方案。

　　研究一：野生与栽培马铃薯的基因组进化与多样性

　　为指导马铃薯产业的绿色革命，黄三文团队联合国内外优势单位发起了“优薯计划”，通过基因组学和合成生物学研究方法，用二倍体替代四倍体，并用杂交种子替代薯块，变革马铃薯的育种和繁殖方式。

　　该团队先后打破马铃薯自交不亲和(Nature Plant, 2018)，解析了自交衰退的遗传基础(Nature Genetics, 2019)，发现杂合马铃薯基因组中有害突变的嵌合分布模式(Nature Genetics, 2020)，并培育了第一代高纯合度自交系材料(Cell，2021)。在此基础上，为了充分利用二倍体资源中的优异性状，加快杂交马铃薯育种，探究马铃薯无性繁殖方式对马铃薯基因组的影响及薯块形成的遗传演化机制，研究人员构建了高质量的二倍体马铃薯泛基因组图谱。